Script en python para convertir secuencias de proteínas de Stockholm a fasta

Aquí os dejo un pequeño python script que convierte “multiple sequence alignments” del formato Stockholm a Fasta de una forma sencilla y rápida.

[code language=”python”] import sys from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord

if(len(sys.argv) <3): print(‘two arguments needed: input path, output path’) exit(2)

with open(sys.argv[1],’r’) as inFile: with open(sys.argv[2], “w”) as output_handle: SeqIO.write(list(SeqIO.parse(inFile,’stockholm’)), output_handle, “fasta”)

[/code]