python

Roulette Wheel Selection in Python 馃悕

Posted on March 22, 2021

The roulette wheel selection (also known as fitness proportionate selection) is a function used by genetic algorithms for selecting potentially useful solutions for recombination. The crossover individual probability is computed based on the individual’s fitness divided by the sum of all population fitness. The following is the formula for it: where pi is the probability of each chromosome equals the chromosome frequency divided by the sum of all fitness. Let’s imagine that the roulette wheel selection algorithm is like aRead More

PyCon: Las tres charlas que me gustaron

Posted on May 24, 2018

El PyCon2018 fue del 9 al 17 de mayo en Cleveland. La conferencia nos dej贸 una gran cantidad de charlas interesantes. A mi personalmente me gustaron tres. Dos de machine learning y una de optimizaci贸n de c贸digo. Aqu铆 dejo los v铆deos para que pod谩is echarles una ojeada. Adem谩s dejo un mini-resumen con cada v铆deo. A practical guide to Singular Value Decomposition in Python Esta charla es una introducci贸n a los SVD (Singular Value Decomposition). Los SVD descomponen cada punto enRead More

Script en python para convertir secuencias de prote铆nas de Stockholm a fasta

Posted on May 15, 2017

Aqu铆 os dejo un peque帽o python script que convierte “multiple sequence alignments” del formato Stockholm a Fasta de una forma sencilla y r谩pida. [code language=”python”] import sys from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord if(len(sys.argv) <3): print(‘two arguments needed: input path, output path’) exit(2) with open(sys.argv[1],’r’) as inFile: with open(sys.argv[2], "w") as output_handle: SeqIO.write(list(SeqIO.parse(inFile,’stockholm’)), output_handle, "fasta") [/code]

Generar una barra de progreso en ipython notebooks

Posted on March 27, 2017

Manual con c贸digo para generar una barra de progreso en nuestro c贸digo para saber en que porcentaje de compleci贸n estamos sin llenar el output con n煤meros. Muchos de los que us谩is jupyter (el nuevo ipython notebooks) pod茅is imprimir por pantalla la iteraci贸n en la que vuestro loop reside. Eso es solo posible para una cantidad peque帽a de iteraciones. Cuando llegamos a varios miles se puede generar un output bastante engorroso. Googleando un poco encontr茅 la soluci贸n. Este c贸digo nos generaRead More