PyCon: Las tres charlas que me gustaron

El PyCon2018 fue del 9 al 17 de mayo en Cleveland. La conferencia nos dejó una gran cantidad de charlas interesantes. A mi personalmente me gustaron tres. Dos de machine learning y una de optimización de código. Aquí dejo los vídeos para que podáis echarles una ojeada. Además dejo un mini-resumen con cada vídeo. A […]

Script en python para convertir secuencias de proteínas de Stockholm a fasta

Aquí os dejo un pequeño python script que convierte “multiple sequence alignments” del formato Stockholm a Fasta de una forma sencilla y rápida. [code language=”python”] import sys from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord if(len(sys.argv) <3): print(‘two arguments needed: input path, output path’) exit(2) with open(sys.argv[1],’r’) as inFile: with open(sys.argv[2], […]

Generar una barra de progreso en ipython notebooks

Manual con código para generar una barra de progreso en nuestro código para saber en que porcentaje de compleción estamos sin llenar el output con números. Muchos de los que usáis jupyter (el nuevo ipython notebooks) podéis imprimir por pantalla la iteración en la que vuestro loop reside. Eso es solo posible para una cantidad […]